恩格贝沙漠生态示范区建设作为院地合作的重点，从2008年到目前，在双方共同努力下，恩格贝生态示范园区已经建成与中科院合作科技合作基地。恩格贝沙漠生态示范区与中科院合作开展了卓有成效的合作，中国科学院鄂尔多斯沙地草地生态研究站——恩格贝分站、中国科学院内蒙古草业研究中心鄂尔多斯分中心、中国科学院地理所与资源研究所恩格贝现代节水灌溉技术示范基地、中国科学院过程所特种生物规模化培养示范基地揭牌。目前恩格贝沙漠生态示范区与过程工程所、大连化工物理开展了用二氧化碳气体代替小苏打养殖油藻项目、与中国科学院遗传发育所共同建立恩格贝特色植物和航天育种研发中心，并计划与中科院遗传发育所及中科院植物研究所合作建立鄂尔多斯荒漠化区域景观林业试验示范区、鄂尔多斯环境修复植物资源筛选及快繁基地建设、葡萄优质高效栽培示范基地及特色葡萄庄园。